De geschiedenis van Groene Hart is die van een jonge school. Groene Hart dateert van herfst 2001. Eigenlijk begint de geschiedenis in 1995 wanneer de christelijke scholengemeenschap Johannes Calvijn door de fusie met het Carnissecollege (vmbo-school) de mogelijkheid krijgt om in Barendrecht een onderbouw havo/vwo te starten. In september 1995 start Johannes Calvijn met één klas vmbo/havo en één klas havo/vwo. Deze start blijkt succesvol, het jaar erop verdriedubbelt het aantal klassen.

Door deze ontwikkelingen en door de groei van het aantal leerlingen in het vmbo begint het gebouw aan de Botter 135 aardig uit zijn jasje te barsten. Het gebouw wordt te klein om alle leerlingen en al het personeel veilig te kunnen herbergen. Na lang beraad kent de gemeente ons een plaats toe aan de 3e Barendrechtseweg 450. Uiteindelijk, na de herfst- vakantie 2001, kunnen de leerlingen van de tweede klassen havo/vwo en gymnasium en de leerlingen van de derde klassen vwo en havo in het nieuwe gebouw plaatsnemen. Zij vormen op dat moment, samen met de docenten en de conciërge, de ware pioniers van het eerste uur. Een van die pioniers is een leerling uit de tweede klas die middels een uitgeschreven prijsvraag de naam verzint voor deze nieuwe school: Groene Hart.

In september 2002 komen ook de eerstejaars havo/ vwo en gymnasium naar deze kleine vestiging en is de onderbouw compleet. Met ingang van september 2004 zijn we gestart met de bovenbouw havo en vwo op Groene Hart.

In augustus 2006 stromen de vmbo/havoleerlingen in op Groene Hart. In dat jaar betrekken we ook het gebouw aan de 3e Barendrechtsweg 448.

In 2010 starten we met onze tto-opleiding, zowel op vwo, havo als mavoniveau. In 2013 krijgt de school het junior tto-certificaat uitgereikt. In de zomer van 2009 zijn de voorbereidingen voor de definitieve nieuwbouw gestart. In december 2011 is een start gemaakt met de nieuwbouw. Mecanoo architecten uit Delft heeft een bijzonder mooi gebouw voor ons ontworpen, dat voldoet aan de wensen van de gebruikers. Het gebouw heeft drie vleugels, elk met drie verdiepingen. De vleugels komen uit in een centrale driehoek, waarin heel goed zichtbaar is dat de vloeren van de verdiepingen verspringen (split level). In een onderwijsvleugel zijn niet alleen lokalen, maar is ook een leerplein. Zo’n leerplein maakt deel uit van de onderwijsruimte. In januari 2013 verhuizen we naar ons nieuwe gebouw aan de Haarspitwei 11.Vanaf april 2016 maken we ook gebruik van de multifunctionele accommodatie die door de gemeente is gerealiseerd om de groei van het aantal leerlingen op te vangen.